Dopo aver costretto Re Carlo VIII (Michel Muller) a ritirarsi, non è ancora tempo di tornare a casa per Rodrigo Borgia(Jeremy Irons) e suo figlio Cesare(François Arnaud): scongiurata la minaccia francese, Papa Alessandro VI viaggia infatti col Cardinale Ludovico Sforza(Peter Sullivan) per recarsi a Firenze, dove in incognito cerca di studiare le mosse di un nuovo ma non meno pericoloso avversario; Girolamo Savonarola (Steven Berkoff)infiamma il popolo contro la ricchezza della Chiesa e degli stessi Medici, signori della città ormai costretti a vivere barricati nel loro palazzo per sfuggire ad attacchi e minacce.A Firenze si trova anche Giuliano Della Rovere(Colm Feore), deciso a tentare nuovamente di uccidere il Papa con la benedizione di Savonarola: alla ricerca di un martire che possa arrivare a Roma senza attirare troppa attenzione, il Cardinale sembra trovare il candidato ideale in un giovane monaco, disposto anche a morire per purificare la chiesa dall’infezione portata dai Borgia.
Un segno divino sembra manifestarsi a favore della causa: durante una messa celebrata dal Papa, il tetto della Basilica crolla travolgendo gli astanti e uccidendo diversi bambini, lasciando Rodrigo disperato e convinto che sia la punizione estrema per i suoi peccati.
